המחלקה האקדמית היא יחידה אוטונומית שבה מתנהלים כל העניינים המקצועיים של הדיסציפלינות השייכות אליה. חברי המחלקות האקדמיות - סגל אקדמי בכיר, סגל ההוראה ואסיסטנטים - עוסקים במחקר, בפיתוח קורסים ובהוראתם.