מאז שבעה באוקטובר התערערו היחסים בין הצבא לדרג הפוליטי. המשבר נוצר על רקע חילוקי דעות נוקבים בין הדרגים, בעקבות מחאת המילואימניקים (בעיקר הטייסים והטייסות, אך גם משרתים ומשרתות במערכים נוספים) נגד ההפיכה המשטרית, מחאה המשולבת באיום מצד המשרתים לבטל או להשעות את התנדבותם לשרת במילואים אם תתממש הרפורמה. לנוכח תופעה זו האשימו תומכי הממשלה את הצבא כי לא הרחיק את המאיימים והמאיימות משירות המילואים, ובכך כמו שיתף פעולה עם המחאה. בה בעת ספגה הממשלה ביקורת ממרכז־שמאל על כך שהתעלמה מאזהרות הצבא כי המאבק שתהליכי החקיקה מקדמים פוגע בכשירותו של צה"ל. אגב כך החל להתפתח דיון סביב השאלה אם יש לצבא תפקיד כאחד מ"שומרי הסף" של הדמוקרטיה.
המלחמה כבר הפכה למשבר של ממש סביב המחלוקת על אודות האחריות למחדל שאִפשר את הפתעת אוקטובר, בפרט כשראשי הצבא נטלו על עצמם אחריות. כמה מהם, בראשם הרמטכ"ל רא"ל הרצי הלוי, אף התפטרו, ואילו ראש הממשלה נותר לשבת בכיסאו. מאז התעוררו סוגיות של חוסר אמון הדדי (למשל השאלה אם ראשי הצבא העירו או לא העירו את ראש הממשלה נתניהו בליל ההתקפה כדי לדווח לו על צעדים חריגים של חמאס בעזה); היעדר שפה משותפת (למשל, ויכוח על מטרות המלחמה ועל אופן ניהולה); התערבות פוליטית המערערת את האוטונומיה המקצועית של הצבא (ובמרכזה אירוע שדה תימן); חשש שההנהגה הפוליטית חותרת לשנות את אופיו של צה"ל (למשל, התערבות במינויים צבאיים); ובשיאם של הדברים – התקפות מימין על הצבא ופגיעה ביוקרתו עד כדי דחיקת הרמטכ"ל הרצי הלוי להתפטר בעיתוי שלא הוא בחר. מינויו של הרמטכ"ל רא"ל אייל זמיר לא הביא עימו מזור למתחים אלה. הם אף התעצמו לאור קשייו של הצבא לחדש את הלחימה בעזה לאחר הפסקת האש שהסתיימה במרץ 2025 ונסיונות שר הביטחון להתערב בעניינים שבהם הצבא בדרך כלל שומר על האוטונומיה המקצועית שלו (כמו הדרישה לנזוף בדובר צה"ל דאז, תא"ל דניאל הגרי, על התבטאות חריגה). המחלוקת הקשה על סוגיית גיוסם של חרדים תורמת אף היא להעמקת הפער בין הצבא לפוליטיקאים מימין.
מעבר למתרחש במסגרת התנאים הייחודיים של המלחמה, מתחוללים תהליכים עמוקים יותר. בחוות הדעת שפרסם המכון בפברואר 2025 נטען כי המלחמה בעזה מאופיינת בריבוי תופעות התנהגותיות חריגות, דוגמת סטייה מהוראות פתיחה באש, ביזת רכוש, כניסת אזרחים לאזורי קרבות, תופעה תקדימית של חיילים המצלמים את עצמם ומעלים לרשתות החברתיות פוסטים המתריסים נגד ערכי הצבא, ועוד. בעוד הצבא מִסגר תופעות אלה כבעיות משמעת ושחיקה, המכון מִסגר אותן כסימפטום לבעיות עמוקות יותר, ובמרכזן התפתחותם של מאבקי זהות פנים־צבאיים. מאבקים אלה מקודמים בעיקר באמצעות הקבוצה החרד"לית מאז ההתנתקות ו"לוחמי הצווארון הכחול" מאז פרשת אזריה, וזוכים לתגובה מנגד בדמות המחאה של אנשי המילואים נגד הרפורמה המשפטית. מאבקים אלה מערערים את ההיררכיה הצבאית. הם אף תורמים להגברת המעורבות החודרנית של פוליטיקאים בנעשה בצבא, ובה בעת מועצמים בעקבות התערבות זו.1
זאת ועוד, המתח בין הדרגים אינו מנותק מהנעשה בגדה המערבית מאז כינונה של הממשלה הנוכחית בשלהי 2022 – התגברות אלימות של מתנחלים הזוכים ל"רוח גבית" מצד חלק משרי הממשלה, לצד הכפפת חלק מהמִנהל האזרחי לשר במשרד הביטחון בצלאל סמוטריץ'.
על רקע תהליכים אלה יזם המכון סדנת חוקרים וחוקרות שהתקיימה במאי 2025. מטרתה הייתה לאו דווקא לקדם סדר יום מחקרי, אלא לתרום לשיח הציבורי שכמעט ואינו נדרש למשבר זה. לפנינו שני מאמרים שנכתבו בעקבות הסדנה: מאמרם של הפרופסורים עמיחי כהן וסטיוארט כהן מייחס את המשבר להידוק שליטתם של המוסדות הפוליטיים על הצבא, עד כדי מעבר מ"כפיפות יתר" של הצבא לפוליטיקאים, שאפיינה את ראשית שנות האלפיים, ל"פרגמנטציה" של הצבא, המכרסמת במעמדו כגוף "ממלכתי" מאוחד. הפרגמנטציה נובעת מכך שקבוצות שונות של משרתים בצבא מייצגות ומקדמות אג'נדות חברתיות ו/או פוליטיות הנתונות במחלוקות ציבוריות, עד כדי סיכון של יכולת הצבא לפעול בצורה אפקטיבית וחוקית. מאמרו של פרופ' קובי מיכאל מסמן את שורש המשבר הנוכחי בהעמקת מעורבותו של הצבא בפוליטיקה מאז הסדרי אוסלו, לא מעט בשל משימות שהדרג הפוליטי הטיל עליו, במישרין ובעקיפין. תהליכי הפוליטיזציה של הצבא העמיקו את משבר האמון בין הדרגים, והם הגיעו לשיאם לאחר פרוץ המלחמה בעזה.