מעבדת HPC למחקר

חוקרים חישוביים באו"פ

במסגרת מתן פתרונות לצרכי מחקר חישוביים, הוקמה ומופעלת באוניברסיטה הפתוחה מערכת חישוב עתיר-ביצועים (High-Performance Computing – HPC). מערכת זו נועדה לשימוש החוקרים באוניברסיטה שתחומי המחקר שלהם מצריכים פתרונות חישוב מרובי מעבדים ועתירי כוח מחשוב.

מעבדת HPC נבנתה על בסיס תקציב ייעודי שהוקצה ע"י האוניברסיטה ובשילוב מענקי ציוד מהקרן הלאומית למדע. המערכת תוכננה כפתרון כלל-מוסדי, מתוך עניין לתת מענה למכלול קבוצות המחקר באוניברסיטה הפתוחה, אשר להן צרכים של HPC. המערכת הוקמה על-ידי מחלקת טכנולוגיות ותשתיות מחשוב במינהל המחשוב, אשר מפעילה ומתחזקת את המערכת באופן שוטף ומספקת גם הדרכה ותמיכה למשתמשי המערכת.

קווים מנחים בתכנון המערכת כללו: תכנון מודולרי וסקיילבילי, תוך התבססות על פתרונות הנמצאים בשימוש נרחב במערכות דומות, העדפת פתרונות תוכנה בקוד-פתוח (open-source) וחוסר תלות ביצרני חומרה ספציפיים, על מנת לתמוך במגוון רחב של דיסציפלינות מדעיות ושימושים למחקר.

תשתיות המערכת כוללות שרתי חישוב מבוססי מעבדים מסורתיים - Intel Xeon multi-core CPU processors, ובצידם שרתים עם מעבדים גרפיים - NVIDIA GPU cards. המערכת משתמשת בערוצי תקשורת מהירים מסוג FDR 56 Gb/s Infiniband. כמו-כן תומכת המערכת בצרכי מחקר עתירי נתונים ושטח אחסון כגון עיבודי big-data.

ניהול מערכת ה- HPC ותזמון הפעילויות מתבצע באמצעות מערכת הקוד הפתוח SLURM. הפתרון כולל ניהול תורים ועדיפויות לביצוע תהליכי ריצה.

מערכת ה- HPC באוניברסיטה הפתוחה נמצאת ברמת נצילות גבוהה מאוד, ומשרתת כיום חוקרים ממגוון תחומי מחקר: אסטרופיזיקה, קוסמולוגיה, מטאורולוגיה, ביולוגיה חישובית, ביואינפורמטיקה, אבולוציה מולקולרית, גנומיקה השוואתית, כימיה מולקולרית, תורת המשחקים החישובית והאלגוריתמית, תקשורת מתווכת מחשב, רשתות חברתיות ועוד.